Ursprünglich gehörten die beiden Fusionskandidaten Mauenheim-Weidenpesch und Longerich zur 1881 gegründeten Kirchengemeinde Köln- Nippes. Da diese aber stetig wuchs, verabschiedete sich die Kirchengemeinde Weidenpesch 1957 mit den damals noch dazugehörenden Bezirken Gartenstadt-Nord (Longerich) und Mauenheim aus Nippes. Die Gemeinde Weidenpesch wiederum verließen 1965 sowohl Gartenstadt-Nord, als auch Mauenheim. Sie wurden jeweils selbstständige Gemeinden, die auch eigene Kirchen und Gemeindezentren hatten bzw. bauten. Am Neujahrstag 1982 wurden Weidenpesch und Mauenheim wieder zusammengelegt. Die neue Kirchengemeinde Köln Mauenheim-Weidenpesch hatte nun zwei Gemeindezentren und Kirchen. Die Erlöserkirche in Weidenpesch und die Philipp-Nicolai Kirche in Mauenheim.

Die Erlöserkirche wurde 1951 vom Architekten Gottfried Tucholski aus Trümmersteinen erbaut. Die Innenausstattung stammte zu einem großen Teil vom Longericher Künstler Herbert Schuffenhauer, dessen Werke auch in der Immanuelkirche zu finden sind. Ein Gemeindehaus mit Wohnungen wurde in den 1953er Jahren an die Kirche angebaut. Zunächst besaß die Erlöserkirche nur einen kleinen Dachreiter, der dann 1964 durch einen Campanille ersetzt wurde, in dem sechs Glocken hingen.

In Mauenheim wurde der Architekt Werner Haupt mit der Planung eines Gemeindezentrums bestehend aus Kirche, Gemeinderäumen, Kindertagesstätte, einem Mitarbeiterwohnhaus sowie einem Pfarrhaus beauftragt. 1964 wurde hierzu der Grundstein gelegt, 1965 fand die Einweihung der Philipp-Nicolai Kirche statt. Elfriede Fulda schuf 1965 die Kirchenfenster. Die Fenster des Langraumes illustrieren die beiden Kirchenlieder von Philipp Nicolai, dem Namensgeber der Kirche: „Wie schön leuchtet der Morgenstern“ und „Wachet auf, ruft uns die Stimme“.
Der kleine Glockenturm im Vorgarten des Pfarrhauses wurde erst 1991 gebaut. Inzwischen sind seine vier Glocken verkauft worden. Sie läuten nun an der Epiphaniaskirche in Bickendorf.

Nachdem eine Gebäudestrukturanalyse im Jahr 2012 ergeben hatte, dass beide Kirchengebäude stark sanierungsbedürftig waren, hat das Presbyterium im Jahr 2013 den Beschluss gefasst, ein neues Gebäude mit Kirche, Gemeinderäumen, Kindertagesstätte und Wohnungen zu bauen.
Den Architektenwettbewerb gewann das Stuttgarter Büro Harris und Kurrle, das auch mit dem Bau des Gebäudes beauftragt wurde.

Im Jahr 2018 wurde die Erlöserkirche entwidmet, im Juli 2020 abgerissen und der Neubau kann noch im Sommer dieses Jahres bezogen werden. Die neue Erlöserkirche ist eine Quartierskirche, die zu einem Treffpunkt im Viertel wird. Hier findet zukünftig ein lebendiges Gemeindeleben statt: Seniorenkreise, Frauenfrühstückstreffen, Fastengruppen, Soulcollage, Kunstprojekte, Konfirmandentreffen, Gesprächsabende, Jugendgottesdienste, „Cooking with friends“, Kinderbibeltage und vieles mehr. Natürlich steht Mauenheim aber zunächst der Abschied von der Mauenheimer Philipp-Nicolai Kirche im Juni bevor.
Die Gemeinde Mauenheim-Weidenpesch hat zurzeit rund 2.900 Mitglieder und eineinhalb Pfarrstellen. Da der Superintendent des Kirchenkreises, Markus Zimmermann, zu 100 Prozent entlastet wird, gibt es einen Pfarrer und zwei Pfarrerinnen in der Gemeinde, Markus und Susanne Zimmermann sowie Christina Schlarp. Ein neunköpfiges Presbyterium leitet die Gemeinde und ist offen für neue Impulse.